El Laboratorio de Control de calidad de medicamentos nació en el año 1968, como producto de la reorganización de la Facultad de Ciencias Químicas para apoyar sustancialmente al Ministerio de Salud en el Control de Calidad de Medicamentos y brindarles servicios analíticos al Instituto Nacional de Seguridad Social y servir como un Centro de Docencia e Investigación de los estudiantes de la Escuela de Farmacia de la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua (UNAN-LEON).
En 1978 se inicia en la UNAN-LEON, el desarrollo de experiencia docente asistencial en el marco del Proyecto ``Mejoramiento de las Facultades de Ciencias de la Salud`` a través del programa de Salud Integral, cuyo objetivo era la vinculación directa con los problemas de la comunidad. En tal sentido se incorpora el Departamento de Análisis en donde estaba ubicado el programa de Aseguramiento de la Calidad de Medicamentos con el objetivo de velar por la calidad de la producción de medicamentos.
En 1980, el Programa de Control de Calidad se fortalece con la ampliación de infraestructura y la adquisición de equipos indispensables para continuar brindando servicios, lo que le permitió ampliar la cobertura y ganar prestigio ante los diferentes sectores de la población.
En 1985, se firma un convenio ante el Ministerio de Industria y la Facultad de Ciencias Químicas por medio del Programa de Control de Calidad de Medicamentos, adquiriendo el compromiso de controlar la calidad a las materias primas que se importaban al país, con el objeto de asegurar la producción de medicamentos de buena calidad a la población.
En 1986, el Laboratorio del Programa es incorporado como miembro de la RED LATINOAMERICANA DE CONTROL DE CALIDAD DE MEDICAMENTOS, y como parte del Programa de Medicamentos Esenciales.
Entre 1986 y 1989, el Laboratorio de Análisis participo activamente con todos sus recursos materiales y humanos en el entrenamiento de los farmacéuticos que iban a colaborar en el Laboratorio Nacional de Control de Calidad de Medicamentos, el cual se materializo en 1989.
Entre 1994-1995 el Programa de Control de Calidad adquirió equipos y materiales con fondos del programa MINSA/DANIDA en base al proyecto 05 ``DEL LABORATORIO DE CONTROL DE CALIDAD DE MEDICAMENTOS, UNAN-LEÓN``.
En el 2005 nace el proyecto, en el marco del Proyecto Consolidación del Aseguramiento de la Calidad del Medicamento y Mejora de la Información a la Población y Profesionales de la Salud en su Uso racional en Nicaragua. En el 2006 se aprueba el proyecto, iniciando construcción de nuevas instalaciones para Laboratorio de Control de Calidad de Medicamentos, con un área de 480 mt2 en 0ctubre del 2007 y finalizando en abril del 2008. Este Laboratorio se inauguró el 11 de septiembre del 2008, teniendo como objetivo servir de apoyo al Ministerio de Salud y a la Industria Nacional en la evaluación de la calidad, investigación y capacitación.
