En el ámbito del medioambiente, la universidad forma parte del Consorcio Fondo Natura, dirigiendo sus esfuerzos al involucramiento de la ciudadanía en el manejo sustentable de los recursos naturales, incidiendo de esta forma en la mejora de la calidad de vida de las comunidades y en preservación de los ecosistemas.

Para ello se impulsa:

• La protección de las fuentes de agua, vigilando su calidad y su buen uso, mediante la reforestación y la educación ambiental.

• La protección de la biodiversidad y la convivencia, vigilancia y el aprovechamiento sostenible de las áreas protegidas, contando con la participación ciudadana, de forma tal que se vincule el desarrollo socioeconómico con la conservación del medioambiente. En este sentido, se ha iniciado el proceso de desarrollo de la zona costera del municipio de León mediante la ejecución de diferentes acciones en coordinación con el Ministerio del Ambiente y Recursos Naturales (MARENA) y las comunidades aledañas de Las Peñitas, Salinas Grandes y Poneloya, destacándose el cultivo de conchas negras y el manejo del laboratorio del Ministerio Agropecuario y Forestal destinado para la producción de larvas de camarón.

• El Fortalecimiento del trabajo en agricultura orgánica enfatizando la utilización de controladores biológicos, abonos orgánicos e insecticidas botánicos, implementando capitaciones, asistencia técnica, en coordinación con organismos no gubernamentales y delegaciones de gobierno central involucradas en el tema.

• La producción agropecuaria de ganado mayor y menor.

• La producción agrícola de oleaginosas y granos básicos.

• Comanejo de la Isla Estéreo Juan Venado