La bandera es un emblema de la Universidad en forma de rectángulo y consta de tres franjas iguales y horizontales: amarilla, la del centro; roja, la superior y azul, la inferior, con el escudo de la Universidad al centro de la franja amarilla.

La bandera de la Universidad deberá permanecer izada en todos los recintos, Centros Universitarios Regionales y sedes de esta, procurando que su extremo no roce el piso, muebles o cabeza de los transeúntes. En caso de duelo, será izada rápidamente hasta el tope del asta o mástil y se bajará lentamente a la posición de media asta, si así lo acuerda el Consejo Universitario o el Rector o Rectora en su caso.

La bandera en todos los actos de la Universidad será de uso obligatorio. La posición de la bandera será siempre a la derecha (izquierda del observador), y cuando se encuentre en presencia de la bandera nacional, ésta ocupará su lugar, pero ambas serán izadas a la misma vez.