Tiene como uno de sus objetivos la evaluación de la gestión Financiera y Administrativa de la Universidad, tanto de sus fondos de Aporte del Estado, Ingresos Internos, Cooperación Externa, tomando como criterios de economía, eficiencia y efectividad, del cumplimiento de las Leyes y regulaciones aplicables.  La Auditoria Interna ha venido en la mecánica procedimental más apropiada para alcanzar este objetivo; en tal sentido, es un elemento primordial del proceso de “Responsabilidad Pública”, por la credibilidad que sus resultados confieren a la información generada por las facultades y otras estructuras.

De conformidad a la Ley orgánica de la Contraloría General de la República define el ARTÍCULO 53.– Auditoria Interna:   La auditoria interna consiste en el examen posterior de las operaciones financieras o administrativas de una Entidad u Organismo del sector público, como un servicio a la alta dirección, realizados por sus propios auditores organizados en una unidad administrativa de auditoria interna, con la finalidades determinadas en el Artículo 43 de esta Ley; las funciones y actividades de estos auditores debe estar completamente desligadas de las actividades operaciones sujetas a su examen.

ARTÍCULO 54.– Organización.    La unidad de auditoría interna, será organizada según las necesidades, los recursos que haya que administrar y el volumen y complejidad de las transacciones u operaciones de la respectiva Entidad u Organismo, de cuya autoridad superior dependerá.  Para su creación se requerirá informe previo del Consejo Superior de la Contraloría General de la República.