Las carreras de Ingeniería en Agroecología Tropical y Medicina Veterinaria funcionan desde el año 1998 y durante este periodo han graduado profesionales con alta calidad y con capacidades para resolver problemas relacionados al sector agropecuario nicaragüense, con la formación de profesionales comprometidos en el desarrollo sostenible del país. En el caso de la carrera de Ingeniería Acuícola inició en el año 2003, caracterizándose por ser una carrera que gradúa profesionales con las competencias necesarias para promover y contribuir al desarrollo acuícola y pesquero de nuestro país.

Para el año 2016, se creó la Escuela en Ciencias Agrarias y Veterinarias como parte de la estrategia de desarrollo institucional contribuyendo a coadyuvar y fortalecer al desarrollo sostenible del sector rural de Nicaragua a través del apoyo e impulso de las actividades productivas primarias: agricultura, ganadería, silvicultura y acuícola mejorando su productividad y rentabilidad. De igual forma, contribuyendo de una manera más eficiente a la salud pública y la prevención de enfermedades como parte de las acciones que el gobierno impulsa para garantizar el bien común de las familias nicaragüenses.

Desde el punto de vista de la proyección social, estos tres departamentos han colaborado y fortalecido la capacidad de los técnicos, agricultores y acuicultores de instituciones socias de la universidad, en temas relacionados al desarrollo de metodologías participativas, encuentros por fases fenológicas de cultivos, investigaciones participativas y bases ecológicas para el manejo de plagas entre otros. Además, se ha trabajado temas relacionados a la salud y el bienestar animal, producción pecuaria y la prevención de enfermedades transmisibles a través de animales domésticos. Finalmente, se ha generado información relacionada a la nutrición y sanidad de camarones, tilapias y a la calidad de las aguas para contribuir al desarrollo de los acuicultores nicaragñenses. Muchos de estos trabajos se han presentado en congresos nacionales e internacionales, también se han publicado en, revistas científicas, folletos, trifoliares y manuales en diferentes temáticas.