La Facultad de Ciencias fue fundada el 14 de febrero de 1964, con el nombre de Escuela de Ciencias y Letras, iniciando con las carreras de Licenciatura en Química y Licenciatura en Física – Matemática. En el año siguiente se abre la carrera de Licenciatura en Biología.

En 1980 se le denomina Facultad de Ciencias En 1984 se crea la carrera de Estadística. En 1994 se crea la carrera de Computación. En 1999 se aprueba la carrera de Ingeniería en Agro ecología Tropical. En 2000 se inicia la maestría en Gestión Ambiental en Biología de la Conservación y la Maestría en Computación con Énfasis en Gestión de Información, ambos programas con el apoyo de la universidad de Alcalá de Henares. En el 2002 se aprueba la carrera de Ciencias Actuariales y Financieras. En el 2004 se aprueba la carrera de Ingeniería Acuícola. En el 2005 se aprueba la carrera de Ingeniería en Telemática.